Causa estranyesa al visitant veure el nom del poble escrit de diferents formes. Tot i que hi ha diverses teories, no es coneix amb exactitud l’origen del nom. La denominació més antiga que es coneix, usada gairebé sempre des d’èpoques medievals fins pràcticament ben entrat el segle XVIII, és Orta. Principalment en els darrers dos segles comença a generalitzar-se la forma Horta en documents escrits.

Picasso, a principis del segle XX, va anomenar el poble Horta d’Ebre, per diferenciar-lo del que aleshores era poble de Barcelona, actualment barri. Finalment l’any 1919, el consistori municipal va afegir el nom del patró, Sant Joan i des de llavors el nom oficial del poble és Horta de Sant Joan. Tot i que no és el nom oficial, escriure Orta és una forma de recuperar la memòria i la identitat històriques.

L’origen del poble tampoc es coneix amb certesa, però les restes que s’han anat trobant ens parlen de l’establiment d’un poblat iber a la part més alta del poble. Al segle VIII totes aquestes terres van caure sota domini musulmà i posteriorment van ser conquerides pels cristians al segle XII.

Un altre fet històric a destacar va ser l’estada a Orta de les forces de Cabrera, durant la primera guerra carlina (1833-1840), on l’any 1835 tingué lloc al poble un violent combat.